Při instalaci nějakého většího balíčku se stane, že se společně s tímto balíčkem také nainstalují další balíčky jako závislosti toho „chtěného“ instalovaného. To je v pořádku. Problém je, že při odinstalaci tohoto balíčku se ty další již neodinstalují (protože yum celkem logicky neví, jestli ty balíčky neinstaloval sám uživatel). Postupem času se tyto balíčky v systému hromadí, při upgradu se mnohdy zbytečně stahují jejich aktualizace a zkrátka zbytečně zabírají místo.
Pro Fedora Core a balíčkovací systém yum existuje řešení v podobě programu package-cleanup, který je součástí balíčku yum-utils. Tento program dokáže zjistit problémy v rpm databasi, vypsat všechny osamocené balíčky a balíčky na na nichž není závislý jiný balíček. Více se dozvíte v manuálových stránkách.
Balíčky bez dalších závislostí lze vypsat příkazem package-cleanup -q --leaves, pokud je budeme chtít rovnou odinstalovat, stačí do hry zařadit yum remove:
yum remove -y $(package-cleanup --leaves -q)